Kantor Imigrasi Kelas I Khusus Batam telah Menerapkan Pembayaran Paspor Melalui BNI. Uji coba pembayaran paspor melaui BNI dilakukan dalam rangka memberikan kepastian pelayanan, biaya dan transparansi kepada masyarakat dan mendukung program Pemerintah melakukan pembayaran Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) secara online. Hasil uji coba dan penyesuaian kesisteman pembayaran paspor melalui BNI mendapatkan hasil-hasil yang positif untuk diterapkan di Kantor Imigrasi lainnya yang ada di Indonesia. Pada tanggal 25 November 2013 sudah diimplementasikan untuk 50 Kantor Imigrasi yaitu 33 Kantor Imigrasi I di Ibukota Provinsi dan 17 Kantor Imigrasi diwilayah Jabodetaka, kemudian tahap kedua akan mulai dilaksanakan pada tanggal 9 Desember 2013 di 35 Kantor Imigrasi Kelas II, dan terakhir pada tanggal 16 Desember 2013 akan dilaksanakan untuk 30 Kantor Imigrasi yang tersisa baik Kantor Imigrasi Kelas II maupun Kantor Imigrasi Kelas III. Dan untuk mempermudah proses pembayaran paspor akan ditempatkan satu unit kendaraan BNI Mobile di parkiran Kantor Imigrasi Batam dalam 3 hari masa kerja (Senin-Selasa-Rabu).